Khi mưa kéo dài, nước mưa rửa trôi phèn trên bờ ao xuống, là một trong những nguyên nhân khiến ao tôm bị phèn. Phèn làm khó khăn trong việc gây màu nước cho ao, điều này làm cho việc phát triển của các loại tảo có lợi bị chậm lại. Ao nuôi tôm nhiễm phèn thường có độ pH thấp, ngăn chặn sự khuếch tán ion Na+ và K+ từ môi trường ngoài vào, gây ảnh hưởng đến quá trình hình thành vỏ tôm.
Ao nuôi tôm nhiễm phèn sẽ làm tăng quá trình hô hấp của tôm, tiêu tốn nhiều năng lượng của tôm và khiến chúng phát triển chậm. Ngoài ra, việc nhiễm phèn sẽ khiến chân tôm bị vàng, vỏ cứng hơn bình thường, mang tôm sẽ chuyển sang màu vàng và chai cứng lại.
Trong quá trình nuôi tôm, không thể tránh khỏi những cơn mưa bất ngờ gây ô nhiễm nước bằng phèn. Tuy nhiên, người nuôi cũng không nên lạm dụng vôi để xử lý phèn, vì việc sử dụng quá nhiều vôi có thể tạo ra thạch cao, gây hại cho môi trường ao nuôi.
Hiện nay, một phương pháp phổ biến được nhiều hộ nuôi tôm áp dụng để xử lý phèn trong ao là sử dụng vi sinh. Vi sinh có khả năng tồn tại trong môi trường nước phèn và giúp ôxy hóa cả phèn sắt và nhôm. Chúng thúc đẩy quá trình chuyển hóa phèn thành các hợp chất tan trong nước một cách nhanh chóng. Ngoài ra, vi sinh cũng có tác dụng phân hủy các chất hữu cơ dư thừa như thức ăn, xác tảo, phân,… giúp giảm khí độc và mùi hôi trong ao nuôi. Ưu điểm của phương pháp này là tiết kiệm, thân thiện với môi trường và mang lại hiệu quả cao, đồng thời kéo dài được thời gian sử dụng.